Le Bayon, par Jacques Dumarcay, Bernhard Philippe Groslier

Im späten 12. Jahrhundert begann König Jayavarman VII. (regierte von 1181 bis ca. 1219) mit dem Bau der neuen Hauptstadt des Khmer-Reiches, Angkor Thom (große Stadt). Im Zentrum der 9 km² großen, von einer Mauer umgebenen, etwa 1 km nördlich von Angkor Wat beginnenden Stadt wurde der Bayon als Haupttempel errichtet.

Seit dem 15. Jahrhundert, als das Reich der Khmer vom aufstrebenden Thai-Königreich Ayutthaya besiegt und Angkor verlassen worden war, geriet auch Angkor Thom und damit der Bayon weitgehend in Vergessenheit. Zwar war das Gebiet von Angkor auch weiterhin bewohnt und wurde landwirtschaftlich genutzt, die meisten Tempel außer dem Angkor Wat wurden aber kaum mehr besucht und vom tropischen Wald überwuchert.

Ende des 19. Jahrhunderts erwachte das Interesse europäischer Wissenschaftler und in der Folge auch der europäischen Öffentlichkeit (siehe auch: Henri Mouhot) an diesem Teil des französischen Kolonialreiches in Indochina. Die archäologischen Arbeiten wurden allerdings wegen des Ersten und Zweiten Weltkrieges, des Indochinakrieges, des auf Kambodscha übergreifenden Vietnamkrieges und schließlich der Machtergreifung der Roten Khmer für Jahrzehnte unterbrochen.

Seit den späten 1980er Jahren, nach dem Ende der Herrschaft der Roten Khmer und der vietnamesischen Besatzung, wurde der Bayon, wie die anderen Tempelanlagen in Angkor, wieder weitgehend restauriert (siehe auch Anastilosis). Beteiligt sind daran, koordiniert vom International Coordinating Committee (ICC) der UNESCO, Archäologen des kambodschanischen Instituts Authority for the Protection and Management of Angkor and the Region of Siem Reap(APSARA), der französischen École française d’Extrême-Orient, des deutschen German Apsara Conservation Project(GACP) und der FH Köln, sowie das Japanese Government Team for Safeguarding Angkor (JSA) und der US-amerikanische World Monuments Fund (WMF).

Seit 1992 wird der Bayon, als Teil von Angkor, auf der Weltkulturerbe-Liste der UNESCO geführt.